Die transnationale Zusammenarbeit fördert hochgradig integrierte Partnerschaften, die über Ländergrenzen hinweg in einem transnationalen Kooperationsraum agieren. Solche Partnerschaften umfassen und vertreten verschiedene Regierungs- und Verwaltungsebenen, wobei Einrichtungen des öffentlichen und des privaten Sektors sowie verschiedene Politikbereiche involviert sind.

In der EU gibt es insgesamt 15 transnationale Kooperationsräume. Unter bestimmten Bedingungen können auch Gebiete in benachbarten Drittländern zu einem transnationalen Kooperationsraums gehören und von Mitteln der Kohäsionspolitik profitieren.

Dank dieser Partnerschaften können im Rahmen transnationaler Kooperationsprojekte gemeinsame Lösungen für gemeinsame Probleme und Herausforderungen erarbeitet, vorbereitet und umgesetzt werden, die einen großen Teil des jeweiligen transnationalen Kooperationsraums betreffen. Großer Wert wird dabei auf die transnationale Arbeitsorganisation der Projekte und die transnationale Dimension der angestrebten Ergebnisse gelegt.

Die Projekte sollten normalerweise zu einer langfristigen Vision, einer großen Idee als Grundlage für strategisches Handeln beitragen, z. B. in den Bereichen Hochwasserschutz, Seeverkehrspolitik, intermodale Verkehrskorridore, städtische und ländliche Netze, vernetzte transnationale Innovationssysteme.

Programme der transnationalen Zusammenarbeit werden vom Europäischen Fonds für regionale Entwicklung (EFRE) im Rahmen des Ziels der Europäischen territoriale Zusammenarbeit der Kohäsionspolitik finanziert. Im Programmplanungszeitraum 2014-2020 stehen für die transnationale Zusammenarbeit in Form von Interreg-V-B-Mitteln über 2,1 Mrd. EUR zur Verfügung.